小菊がemacs23でおかしくなった件ですが、とりあえずの回避方法がわかったので残しておきます。
completion-sytles の中の partial-completion が kogiku と相性が悪いようです。
emacs23 はデフォルトで partial-completion 有効になってたんですねー。

この方法だと補完対象が存在しない場合でもエラーにならず [not match] が出るようになります。
ただ、 "~[TAB]" などでまだエラーになるので根本的な解決にはなっていないようです。

■以下を設定ファイルに記入
;; completion-pcm-try-completion は kogiku と相性が悪いので使わない
(setq completion-styles (delete 'partial-completion completion-styles))
;; partial-completion を使いたい場合、partial-completion-mode を使う
; (partial-completion-mode t) ;; kogiku より前に実行
(require 'kogiku)