> debug3: no such identity: /home/server/user/.ssh/id_rsa
これ、そんなファイルねーぞ。って意味だよ。
sshconnect2.cはその名の通りssh2の接続で使う関数を定義しているソースファイル。

sshconnect2.c:
static Key *
load_identity_file(char *filename)
{
...
if (stat(filename, &st) < 0) {
debug3("no such identity: %s", filename);
return NULL;
}