>>107
完全なメールが入っているメールボックスと、
メールの中身を少しいじって保存するメールボックスの2つを管理するためです。

>>108
理解はしているつもりです。
デフォルト、メールボックスはMaildirで、メールボックスの下にそれぞれディレクトリが存在していますよね。

1つのインスタンスで複数のメールボックスを管理は難しそうなので、
結局、dovecotのポート番号を変えたインスタンスをもう1つ起動することにしました。長々と失礼しました。