freebsd-updateでアップグレード出来るのは6.3 RC1以降。
http://www.freebsd.org/releases/6.4R/announce.html
6.3-RELEASE, 6.4-BETA, 6.4-RC1, or 6.4-RC2 は freebsd-update で6.4に出来る。

あとなんかportsは一回場所が変わった気がするので、
# cd /usr/ports/
# make search name="freebsd-update"
だったかなで調べてみるとか。