>>48
はい
set (gca, 'xminortick', 'on', 'yminortick', 'on')
は警告の原因ではないようです。
mark_as_commandのコードをみましたが，3.2ではdeprecatedというフォルダに
はいっていて実質何もしていません。mark_as_commandが実行されたときに
エラーになるとコードが動かなくなるのを防ぐために存在しているようです。

というわけで，多分，octave-forgeのパッケージが将来的に対応すべき
問題なのでしょう。現時点ではやはり無視してつかうのでいいでしょう。