>>9
ところでCygwinにこだわりがありますか。わざわざ，xのgnuplotを使わないようにされているようなので，Octaveを使うのにCygwin版をお使いになるのかいまいちわかりません。
Cygwinでいろんなことしたいならやはり，xをいれてx版のgnuplotをつかうのが自然だと思います。

Cygwinに固執がなければ
octave/mingwだとインストールするだけで簡単にgnuplotも使えるわけですし，なにかわざわざ困難な方向に走っておられるような気がします。

octave/mingwは
以下からダウンロードできます。

http://sourceforge.net/projects/octave/files/Octave_Windows%20-%20MinGW/Octave%203.2.3%20for%20Windows%20MinGW32%20Installer/Octave-3.2.3-3_i686-pc-mingw32_gcc4.4.0_setup.exe/download


ただし，SSE3つきのAtlasはバグがあるのでSSE2のAtlasをお使いください。