>>915
数年前なら、フリーで使えるものでは tripwireが主流だった。ただし、フリーで使えると言っても、本来はアカデミックライセンス。純然たるフリーじゃなかったと記憶している。
フリーで探せば、確か・・・・aideってのも tripwire　に似た機能だったと思う。ちょとうろ覚えだけどな。
FreeBSDのパッケージにあるし、自分でソースからインストールしても（Linuxなんかに）簡単にインストールできるはず。

ただ・・・・・・こういう侵入検地ツールって、最初はマメにチェックしても、そのうち面倒になってくるんだよな。
仕事ならともかく、個人サバだと、そんなことまで、面倒でやってられない。