JavaAS（WebSphere）を6台ロードバランサで使ってるけど、
2000だと、3日くらいが限度だった（ちょうど夜間バックアップのときのサービス停止にマシンごと再起動することで対処したからいいけど）。
WASとOS同時に2003にアップグレードしたら、一週間以上の連続稼働も問題なくなった。
まあ、それでも怖いから、週次で再起動してはいるけど。
感覚的には、Linuxと同等以上にはなっているんじゃないかな？