あ、もう一つ書いておくと、
GTK と自分のアプリは -g 付きでコンパイルして、scim は -g なしでコンパイルしてテストしてました。
（そうじゃないと core 吐かない）
なので、scim のどの部分でおかしくなるかは、細かい所は分からなかったけど、だいたいこの辺ってのが分かったような気がします。
ただそれがおかしくなるのは、他スレッドが原因かも、って感じで終了したような気がします。
いつか時間があったらもう少し gdb の知識とか身につけてやりたいんですが、直ぐには無理そうっすね…