PC-BSD 7.2Rをインストールしたら、デフォルトの環境で普通にYouTubeやら
ニコニコ動画が見れて感動した。
Flash9が実用上問題無い程度に使える。

PC-BSDってFlash関連で何か特別なチューニングしているの？

これに対してFreeBSD 7.2-PRERELEASEで、最新のportsから、
Firefox3やらFlash9 をインストールして、YouTubeやニコニコ動画を見ると
フリーズすることが多い。
普通のFlashを使っているWebページは大丈夫なんだが。