定期バックアップは当然やってるだろ。だからこそ復旧作業をしているという話かと。
バックアップがあっても復旧には時間がかかるし、サービスも停止する必要がある。

一気に多量のファイルを削除するとUFS2自体がおかしくなるという話なのでは?
たとえ「必要なファイル」であっても、それを消してファイルシステムが
おかしくなるようなことがあってはならないと思うが。