データベースだけの問題だしインストーラーも結構ごみまきちらかしたりするので
pkg_delete -f系でのやり直しでもいい気がする。

package自体のリセットとしてはいちいちpkg_deleteしないで
/var/db/ports/以下と
/var/db/pkg/以下全削除したらどうなんだろうか?
そこから順次改めてpackageなりportで入れ直していけば
ライブラリーの類は上書きされるのではないかと思う。

逆を言うならばこの二つのディレクトリーを保存してあとで比較すれば
復旧度合いもみえる。
でもport入れ直すくらいならばプライベートデータを保存して
ゼロから入れ直す方がクリアといえばクリアなのかもしれない。