俺の場合は↓でやってる。自前のスクリプトで半自動化されてるけど

1. 仮想マシンなのでもう一台のHDDを/mntにマウント
2. インスコCDの7.2−RELEASEディレクトリのbase, kernel, manpagesを/mnt展開する
3. /mntにchrootしてダウンロード済みのstableパッケージをインスコ
4. /rootや/homeなどコピーすべきファイルをコピーする。必要なら/varとかも…
5. /etcと/mnt/etcを比較して更新すべきファイルを確認してコピーまたは編集
6. 仮想マシンのHDDを入れ替える

一台のHDDでやる場合4と5を慎重にやらないと痛い目に会うと思う
どこかにHDDイメージをバックアップ(dd or dump or tar or cp)しといてからやるのが良いと思う