>>92です。色々レスありがとうございます。

>>93
dig は -p オプションでポート指定可能なようですね。

>>94
172.51.31.10:5353 とか 172.51.31.10.5353 とか
試したんですが、Linux（CentOS）では無理でした。

>>95
/etc/services で53を5353に書き換えると、
Slave DNS にDNS問い合わせをするようなケースでも
5353ポートに問い合わせてしまうので、断念した経緯があります。
# Slave DNS は53ポートで運用中なのです…。

>>97
それはズバリ、そのサーバでは既に別の named が53ポートで
稼働中だからですｗ