TTL無視するクライアントあるからね。Internet ExplorerはDNSレコードを引いた結果を
TTLにかかわらず1800秒キャッシュするし（一度IE落とせばOK）、某携帯電話屋の
プロクシサーバは3600秒だった。某サーバソフトは起動時にDNS引いて
その結果を死ぬまで保持する。

それでもOKな用途なら、

> dns1とwww1、dns2とwww2をそれぞれセットにして、
> 2台の仮想サーバーに入れようと考えたのですが、
> 片側の仮想がダウンしたときでも、この方法ならサービスが継続できるかと思いまして。

同じようなようなことをやってるところは知ってる。
そこでは仮想サーバを分離せずに、ApacheとBIND を同時に動かす
サーバを2台用意して、
・どっちかのサーバのネットワークが落ちれば、そのサーバのBINDには
　到達できなくなるので、そのサーバのApacheのアクセスは無くなる。
・Webサーバプロセスの応答を自分自身で監視して、応答に異常があればBINDも停止させることで
　そのサーバのApacheへのアクセスを無くす。
・メンテで片方のサーバ止めたい時はBINDを止めるだけでいい。
ということをやってた。今でも動いてるけど、問題が起きたという話は聞いてないです。