もう解決したみたいなんだけど…
(window-list)で返ってくるリストに入っているwindowオブジェクトは、
他のどのLispオブジェクトともeqにならないけど、
必要なものはそういうものとは違うの?
数値になっている必要がある?

必要なのが(frame-list)の方でもおんなじなんだけど。