>>23
> command-line-1 を眺めると initial-scratch-message が挿入されない時は
> frame-notice-user-settings も評価されないようなので、その辺が関係してるのかも。
ありがとうございます。もうこの辺は私には分かりません。

> ・emacs -q で起動するとどうなる?
現象は変わらないです。

> ・問題の記号にカーソルを合わせて C-u C-x = を叩くと、どう表示される?
通常
Char: ● (53500, #o150374, #xd0fc, file ...) point=6510 of 6887 (95%) column=32
-qオプション
Char: ● (299311, #o1110457, #x4912f, file ...) point=6510 of 6887 (95%) column=60

基本的に同じです。 .emacs.el に (setq default-tab-width 4) があるので、
カラム位置が変わっていますが。

> ;; -nw では無いよね?
はい、違います。PuTTY Release 0.60-jp20070603 から利用しています。