command-line-1 を眺めると initial-scratch-message が挿入されない時は
frame-notice-user-settings も評価されないようなので、その辺が関係してるのかも。

気になるのは以下のようなところでしょうか。
・emacs -q で起動するとどうなる?
・問題の記号にカーソルを合わせて C-u C-x = を叩くと、どう表示される?

;; -nw では無いよね?