ふと気がついたのですが、TERATERM.INIとは違う名前で保存した
設定のファイルはどこにあるのでしょうか？というか、どういう機構で
保存されているのでしょうか？

save as...のファイルダイアログではc:\Program Files\teraterm\に
保存したものが見えているのに、エクスプローラでは見えません。
以前(Windows XPのころ?)は保存したファイルの内容をnotepad.exeで
見たり変更したりできていたと思うのですが。