うちでは.emacsにこんなの↓を書いて^HとDELを入れかえていたんですが、
> (keyboard-translate ?\177 ?\^h)
> (keyboard-translate ?\^h ?\177)
現在のnavi2ch CVS HEADでJIT有効にしてarticle表示をしたが最後、
どのバッファでも^HがDELではなくなったかのような挙動を示すようになります。

(cancel-timer navi2ch-article-jit-timer)とすれば元に戻るので、idle timerに
登録されているnavi2ch-article-jit-insertの中身が関係しているようです。

# ちなみに(keyboard-translate ?\^h 'backspace)だとJIT有効でも大丈夫……。

あと、微妙に別件ですが、navi2chが終了してもnavi2ch-article-jit-insertが
idle timerに残ったままなのはイマイチな感じがします。