原因わかりました。
characterp 関数が未定義の場合、
navi2ch の方では ignoreに、apelの方ではchar-valid-p(かもしくはt)に定義する処理をしてるため
navi2ch を先にロードしてしまうと apel の方で characterp を定義出来なくなってしまい
characterp を使ってる wanderlust 側で誤動作を起すみたいです。
XEmacs の場合は characterp を始めから持ってるので問題ないようです。

以下該当箇所です。これ eval-when-compile でいいんじゃないかなぁ・・・
navi2ch-util.el
1235: ;; shut up byte-compile warnings
1236: (eval-and-compile
1237: (navi2ch-defalias-maybe 'keywordp 'ignore)
1238: (navi2ch-defalias-maybe 'characterp 'ignore))

skk でも characterp を使ってる箇所があるので >>521 もたぶん同様の原因と思われます。