>>521 と同じ構成だけど、emacs -q でさえ、leim-list.el経由で、
skk-setup.elやらskk-autoload.elcやら読まれる。
そのためかどうか、navi2ch起動して、skk-mode呼んでも問題起きず。

emacs-22.3だから？FreeBSDのパッケージの都合？