>>29の設定とmy-navi2chを一緒に使うと、フィルタが効かなくなってしまいます。
どこに報告していいか分からなかったので、こちらで報告させていただきます。
~/.navi2ch/init.elを以下にすると、フィルタを設定しても、フィルタリングされません。

;;my-navi2ch
(add-to-list 'load-path "/path/to/my-navi2ch")
(require 'my-navi2ch)

(setq navi2ch-article-message-filter-default-rule-alist
(cons '(t :match-method "s" :rule hide)
navi2ch-article-message-filter-default-rule-alist))

よろしかったら対応していただけますでしょうか。