0.5Gのgzファイル100個を異なるファイルシステム間でcpして、
コピー元と先をmd5sumでハッシュ比較したら、1つのファイルに関して
異なっていたんですが、これって普通に起こることなのでしょうか？

これが普通に起こることだとしたら、
異なるファイルシステム間ではmvは怖くて使えませんね…。