今のFreeBSDでカーネルを再ビルドするメリットがあるのか
デスクトップ用途では特にメインの作業系アプリがサクサク動けばいいので
ハイパワーとか効率とかいってそのPCで一体何をするのかしりたい。

確かに一段のPCで複雑な処理など短時間で行うにはハイパワーな方がいいけれど
マルチコア64bitとはいってもアルゴリズム自体64bitが必要とされていないものが大半なんだし
並列実装できるものは限られるからコア数とビット数が大きくてもそんなにスピードアップにはならないはず。

大は小を兼ねるともいうけれど騒音と消費電力は違う
Atomのパワーは高くないかもしれないけれどバランスがいい。
Atomでたんなかったら素直にもう一台PCを増やしてつないだ方がよいんじゃないか?
Windowsじゃないんだから