wine 1.1.3 + Windows FireFox 2.0.0.16 + Flash9 な環境で、
ニコ動見ると動画の下半分がチラつくんだけど、こんなもの?

FreeBSD 7-stable の最新版だし、
ハードウェアは CPUがAthlon64x2 2GHz、
VGAもGeForce7800GTXだから
OSやハードウェアの問題ではないと思うんだけど。