jman -t hoge | lpr ではA4で印刷出来るんですが、
man -t だと、プリンタが「Letterをよこせ」と言ってくるので、
A4で出るようにしたいんですが、どのへんいじったら良いですか?

man -t hoge > hoge.ps した hoge.ps を印刷しても同じなので
groffじゃないかとふんでますが。

印刷はlpd->ghostscriptですが、この段階での指定は機種にもよるので厳しいかなと。
一応ghostscriptとプリンタ側では指定はしていて、XのアプリとかはA4で出ろと言うと
言うこと聞いてます。