pkg_chk -i すると、
x11/vte - vte-0.16.14 missing
のように、missingが付いたものが複数表示されます。
そして、再後尾に
Installed: libcddb-1.3.0 speex-1.0.5nb1 taglib-1.5
が数十個表示されます。

見てみると、pkg_deleteしたパッケージだと思うのですが、
これはなぜ表示されているのでしょうか？