>>622
今回は C-u s しても消えませんでした。
どうやら既存の板リストの情報に変更が加えられる場合にそうなるらしいんですよ。
(そういう時はボールドで
A 板名
A 板名
みたいなエントリーが見えるんでわかりやすい。)
板リストの更新状態はアクセスするサーバーによるから、人為的に再現するのは簡単ではないですね。

サーバーAの板リスト情報がサーバーBとちょっとでも違う場合に
(setq navi2ch-list-bbstable-url A)
から
(setq navi2ch-list-bbstable-url B)
に変更して、 M-x navi2ch をするだけでも、プックマークされてる板は消えてしまうようです。
これまでの経験上ですが。