>>350
わたしのほうでも .emacs に

(setq navi2ch-directory "/home/user/emacs/.navi2ch")
(autoload 'navi2ch "navi2ch" "2ch interface for Emacs." t)

としてみましたが問題なく動きました。 navi2ch-directory を設定している場
所よりも前のほうで例えば my-navi2ch-* のような elisp を読みこんでません
か? .emacs のなるべく前の箇所に書いてみてください。

>>348-349
読みこみというのは、navi2ch 起動時、スレを開く時、スレ更新時のどれのこ
とでしょうか?