あ、あと、同じ問題で困った人の為に、それぞれのファイルの全文を貼っとくよ。


.profileファイル
source "/home/username/.bashrc"

.bashrcファイル
export LANG=ja_JP.SJIS
export JLESSCHARSET=japanese-sjis
alias ls='ls --show-control-chars'

.emacsファイル
(set-language-environment "Japanese")
(set-terminal-coding-system 'sjis-dos)
(set-buffer-file-coding-system 'sjis-dos)
(set-keyboard-coding-system 'sjis-dos)

.inputrcファイル
set kanji-code sjis
set convert-meta off
set meta-flag on
set output-meta on

.vimrcファイル
set encoding=sjis
set fileencodings=iso-2022-jp,euc-jp,sjis