このあたりのスレッドか。

http://sourceware.org/ml/cygwin-developers/2007-12/msg00009.html
utf-8 化パッチは reject した。
Win32 API の W API を使ってファイル名を正しく扱うようにするパッチを
Corinna Vinschen ががんばって書いている最中。

http://sources.redhat.com/ml/cygwin-developers/2008-01/msg00002.html
webで見ると、日本語化けてる。