>>616
手前勝手な質問の仕方ですいませんでした。
emerge -e worldとはシステム全体を再ビルドする事です。

gentooのportageはportsをお手本にしてるので似通ったところが
あると思うのですが、共通してる部分を知りたくて。

システムのコアになる部分をsystem、全体をworldとなってます。
emerge -e systemでコア部分のみを再ビルドです。
--emptytreeというオプションの略式で良く使うオプションでは、

--update (-u): アップデート
--deep (-D): 依存するものも含めてアップデート
--newuse (-N): /etc/make.confを更新した時に明示的に反映させる
--depclean: revdep-rebuildを行った後、依存されなくなったパッケージを削除
revdep-rebuild: ライブラリを調べ、アップデートや削除などでリンクが切れたパッケージを再ビルドして修復

と言ったものが有り、おおまかに説明すればこんな感じです。