>userresources=$HOME/.Xresources

これを変数設定する以外、何もやってないんですね?

以下を .xinitrc の先頭の方に入れてみよう:
xrdb -merge ${HOME}/.Xresources

(xinit からの時とか XDM の xsession のときとかで
いくつか特別扱いの項目があったはずなので
問答無用で xrdb してしまうのがお勧め)