なんかかみ合わないんだけど、
>>343や>>345の例だと、$1をシェルがもっていっちゃって動かないだろうから、
本来やりたいことである
>awkのsystem関数に与えるコマンド文字列の中で「"」や「'」って使える？
の問題とは違ったところでハマっているでしょ、ってことを書いただけなんだけど。
（$1にはinput.txtを入れたいのだろうと推測）

それに対して、$数字は awkで使用できるよ、と書かれても困っちゃうんだが。