何回かPC組んだ雑感であれば参考程度にどうぞ

AMD系のメリット
・演算能力はC2Dですらぶっちぎりに抜く(pentium4?誰ですか?ぐらい)
・K8を基準にしてあるのでビルドの設定をあまり気にしなくていい
・同時に最適化も苦労しない
デメリット
・演算能力は申し分なしだが、下半身となるIDEがほとんどのチップセットでUDMA33になる所が（´・ω・`）
　↑VIA、nforceで確認、設定を手動で変えればいけるかも。
・オンボ、PCI-EのVGAドライバが整っていない。NVIDIAは32bitはあっても64bitは未だに．．．。
　↑(PCIのVGAならRadeon9250やG550系で代用可．．．)

Intel系のメリット
・さすが標準チップセットとあって、IDEがSATAだろうがUDAM100、SATA150は当たり前
・オンボのVGAが公開されているおかげで一応グラフィックに困らない?（メモリ帯域とられるぞゴルァ、はおいといて）
　↑オンボ以外になるとAMDと同じ境遇です。
・なによりIntelブランドに支えられる精神衛生面
デメリット
・演算関係の性能はC2Dでもかなわない
・C2Dは64bitになると100%の性能が出ない
・さらgccの最適化に「C2D」がまだないためビルドでもこころもとない
・かといってPentium4(nocona)は（´・ω・`）
・CPUにあわせてビルド設定の手間がいる