>>65
MySQLのドキュメントによれば、latin1がデフォルトの文字コードっぽいから、
FreeBSDのデフォルトがどうだろうと関係なく、latin1でMySQLも動くと思うぞ。

「『明示的に設定して無い』のが不安なら、明示的に設定しとけ」、というだけの話になりそうだな。

portsの中の、databases/mysql41-server/files/mysql-server.sh.inを読んだだけだが、
データベース・ファイルを置くディレクトリっぽい「/var/db/mysql」にmy.cnfを置くのが作法らしいから、
お望みどおりの設定になるように自分で書けば？