>>49 洩れもそういう現象に出くわしたことがある。
自己解決したのだが、どうやったのか覚えてない。

時期はGNOMEのアプリケーションのインストール先が
/usr/X11R6 から /usr/local
に変更になった頃だったと思われ
(see: ports/UPDATING の20061014)

心当りがあるのなら疑ってみてはどうか

何も考えずにすむ方法は
portupgrade -Rf gimp
だとおもうが、相当時間が掛かるとおもわれ