gnuplot の問題じゃないかもしれませんが…
term svg
pm3d map
でカラーコンターを作成して、それを imagemagick や srvg-convert, inkscape などで png に変換すると、
塗りつぶした領域の中に格子状にアルファチャンネル値が0でも255でもない部分ができてしまいます
isosample の値を増やすと細かくなるのでプロット時の分割の境界に相当する部分のようですが、
これを gnuplot 側の出力時の操作で回避することは可能でしょうか
出来た png ファイルを弄ってこれをなくす事は可能ではありますが、フォントのアンチエイリアスとの両立が若干面倒なので