いつも↓のようなスクリプトを書いて、./tmp と実行しているのですが、
$ cat tmp
#!/usr/bin/gnuplot
plot "file"
pause -1

これをシェルスクリプトみたいに、plotするファイルを引数で./tmp fileと与えて、plot "$1"という感じで実行できないでしょうか?