結局、別プログラムでファイル数や、変数に応じてコマンドを記述したdata.gplを作成してそれをgnuで読ませることにしました。

ここで別の問題が発生し、load 'data.gpl'　を実行すると、　set dgrid3d の行でエラーが発生しgnuが強制終了します。
dgrid3dを省略すると問題なく動き、手で入力しても動くのですが、なぜでしょうか？
以下　data.gplの中身です。
set terminal jpeg
set hidden3d
set dgrid3d 60,60
set pm3d
set pm3d map
unset colorbox
set palette defined ( -3 'blue' , 0 'white', 3 'red')
set output '0.jpeg'
sp [0:60][0:60][-0.0005:0.0005] 'data0' w l
set output '1.jpeg'
sp [0:60][0:60][-0.0005:0.0005] 'data1' w l