長文になるのを覚悟し詳細に書くと、現在はC++からplot.txtというファイルに
fout << "set output 'data" << t(プログラム中の変数) << ".jpeg'\n" << "sp 'data' w l\n" << "quit" ;
と書き込み、これをsystem("pgnuplot.exe plot.txt");　でpgnuplotへ送っています。
メインプログラムは、
１．値の計算　→　２．dataに結果の出力　→　３．gnuplotに値を渡し、グラフとして保存、終了　→　1へ戻る
というループをしています。
ここで、１と２でかかる時間が３でかかる時間より短いことにより、３が実行されるたびに別のgnuplotが起動し資源を食います。
そこで、解決法として、起動中のgnuplotに値を渡すことを考えました。

>>286　
さんのように、data.gplを作る場合、手で打つのがめんどくさい、プログラム中の変数(set hidden3d x,y 等)を使うので変更するのが大変等の理由で断念しました。
（でも、それをプログラムでできるようにすればいいのかな？）

その後、プログラムからdata.jpegの有無を確認、あれば次のループを実行、無ければしばらく待機みたいなプログラムを考えています。
（ただgnuplotが、空のjpegを出力してからそこに上書きだと不可能)

>>287　
自分でも、己の日本語力の無さに危機感を覚えているんですが、おすすめの書があったら教えてください。