長文失礼します

.qmailの「|」でコマンドに標準入力として渡される
メールデータについて、本文(body)の改行コードは
送信元のメールクライアントの環境により
変わるものですか？

perlで本文(body)に書かれたキー、
例えば、optionというキーの値
抜き出し、それに従って処理を行っています。
本文に書かれた
option:1
なら
1を抜き出す処理を行っています。

自宅のメールクライアントがThunderbird(OS:Windows)だと
きちんと「1」が抽出され、処理が正常に動作するのですが、
別の環境（会社のNotes OS:Windows）だと「1」が抽出されていないようで、
正常に処理できませんでした。
会社からなので、ちょっと中身を調査することができませんでした。
※ヘッダー情報（From:や、Subject:〜）は、
Notesでもきちんと抜き出せました。（送信元に返信するようにしていて
会社のNotesに返信されたので。）

考えられるのは改行コードかなと思い、
標準入力をファイルに出力
するコードを埋め込みましたが、
違う原因かもしれないので、何か思い当たることが
ありましたらご教示下さい。