>>256
(setq desktop-file-name-format 'tilde)
しておけば、ホーム以下のパスなら~/...として記録されるようだよ。
ホームをnfsしてるマシンによってmountするパスが違うくらいのことには
対応できそうだけど。

それで足りなければ、
desktop-saveから呼ばれるdesktop-file-nameで記録するファイル名を決めてる
ので、それを好きなように再定義するかアドバイスすればよいかと。