複数のマシンで Navi2ch のデータを同期しようと、一方のマシンで

$ cp -R -p -u ~/.navi2ch/ /media/disk/

として ~/.navi2ch/ 以下を USB メモリにコピーし、もう一方のマシンで

$ cp -R -p -u /media/disk/.navi2ch/ ~/

として、既存の ~/.navi2ch/ 以下に上書きしました。

データを移したマシン側で Navi2ch を起動すると、 bookmark2.txt に問題が
あるとして、バックアップを読み込むかどうか尋ねられます。

ここで yes, no いずれかを選択することで、以降はこのエラーが発生するこ
とはなくなります。しかし、同様の手順で USB メモリからデータを書き戻す
と、再びエラーが発生します。

;; 問題があると指摘を受けた bookmark2.txt のコピーに失敗しているのか
;; と、コピー元のファイルとコピー先のファイルの MD5 を比較しましたが、
;; 両者の値は一致しました。もちろん、コピー元のマシンでは、このエラー
;; は発生していません。

原因としては何が考えられるでしょうか?