手元の TeX 環境で plain.bst と ieeetr.bst を見くらべてみた。

plain.bst
MACRO {ieeetc} {"IEEE Transactions on Computers"}
ieeetr.bst
MACRO {ieeetc} {"IEEE Trans. Computers"}

こんな感じでスタイルによって略したり略さなかったりするみたい。
単純にこの部分を書き換えた .bst ファイルを作るってのじゃダメかな？