>>208　自己フォローです。
> もしかして、 /etc/shadow を使ってると FreeBSD の yppasswd でパスワードが
> 変更できなかったりするんでしょうか。

pwunconv で /etc/shadow を使わないようにして NIS map を作り直し
FreeBSD NIS client から再度 yppasswd を試しましたが、結果は同じで Permission denied でした。
関係ないようです。