エスケープキーではなくてエスケープキャラだから複数バイトの指定は無理
PuTTYの設定の方でF1の割当出力文字列を^Aにすればいいんじゃないか?

…と思ったら標準のPuttyはファンクションキーに任意の文字列の割当できない
みたいだな。Puttyかscreenのどちらか/両方のソースを書き換えるしかなさそうだ。