サーバも端末も UTF-8 で運用しています。
jless や ls では UTF-8 なファイル名や内容が見えています。
emacs で開くと日本語文字が ?? と表示されてしまいます。
set-terminal-coding-system を euc-jp 等にすると
（もちろん端末のエンコーディングも変えると）正しく表示されます。

????????? になるというのはEmacs から端末に UTF-8
が送られてきていないのでしょうか？???? と表示される
のも構わず canna で日本語を（あてずっぽうで）入力し、
保存した後で cat で見るとちゃんと UTF-8 なファイルができています。