データをemacsで開いて utf8で保存してもなりますし、
nkfやlvでutf8変換してもなるのですけど、なんででしょう...

> nkf --guessもアリですね。utf8も判定してくれます。

このnkfのバージョンはいくつですか?
自分のFC3のnkf 2.0には --guessがない...